Execute o GhostX e carregue seu save.
Vá à cidade de Seul e caminhe até a Base Aurora Branca, onde começou o jogo.
Entre no Laboratório Luna e fale com a Dra. Genova.
No menu de seleção, escolha o Nanobot que deseja deletar.
Clique no botão Devolver no canto inferior esquerdo da tela.
Confirme clicando Sim na janela que aparece. A Dra. Genova recolhe o nanobot e devolve uma quantidade de Alma (Soul). O valor depende do nível e raridade do nanobot.
Só é possível remover nanobots quando seu inventário está cheio e você precisa de espaço. A única forma é voltar ao laboratório inicial e falar com a Dra. Genova.