O Castelo do Bowser é elemento comum nos jogos Nintendo das aventuras de Mario e Luigi. Rei Bowser governa as Tropas Koopa e é antagonista principal. Bowser frequentemente captura Princesa Peach e em algumas aventuras tenta dominar Mundo Cogumelo ou universo. Castelo do Bowser costuma ser fase final, cheio de inimigos poderosos, incluindo o próprio Rei Bowser.
Em Mario & Luigi: Bowser's Inside Story, praga de blorbs assola Reino Cogumelo. Mario, Luigi e Princesa são inalados por Bowser e devem usá-lo para salvar o reino. Para abrir porta no Castelo do Bowser, insira código para batalhar Monstros Shroob: quadrado duas vezes, círculo, triângulo três vezes, então tente a porta. Além disso, há sala secreta fora do castelo. Encontre cartaz balançando no vento e vire mini-Mario. Poderá passar pelo cartaz e entrar na sala secreta.
Em New Super Mario Brothers, Mario e Luigi tentam salvar Princesa Peach do Rei Bowser e Bowser Jr. Fase final é no Castelo do Bowser. Cheat poderoso permite vencer: visite Casa do Cogumelo Laranja e pegue Mega Cogumelo, entre no Castelo. Quando Bowser e filho aparecerem, use Mega Cogumelo imediatamente. Um pulo em cima do Rei Bowser mata ele. Atravesse Bowser e pule imediatamente em Bowser Jr. para derrotar e vencer.
Mario Kart 64 (Nintendo 64) é jogo de corrida. Pistas incluem uma que passa pelo Castelo do Bowser. Se tem cogumelo antes da primeira curva no N64, corte pela grama para atalho. No Wii, proteja-se de cascos vermelhos e verdes segurando B quando tem banana ou casco no inventário.
Rei Bowser capturou Princesa, Mario deve salvá-la. Ao chegar no nível do Bowser, colete 1.000 moedas. Verá vidas mudarem para M25. Ganha vida toda vez que perde, dando vidas infinitas. Ao batalhar Bowser, em vez de pegar pela cauda, girar e jogar na bomba, pegue pela cauda e gire em direção à bomba segurando. Permite ir à batalha final sem precisar acertar mira do arremesso.