A jogabilidade é idêntica em "Pokémon Ruby" e "Pokémon Sapphire", mas cada título tem diferentes tipos de Pokémon para capturar. Os jogos são compatíveis com Game Boy Advance, Game Boy Advance SP e sistemas Nintendo DS. Cheats e dicas para "Ruby" e "Sapphire" são os mesmos para todas as plataformas.
Jogadores conectados em qualquer jogo podem batalhar entre si dentro de uma base secreta. Esta é uma maneira fácil de subir o nível de Pokémon fracos. Vá ao Pokémon Record Center e entre no Hall of Fame. Entre na base secreta recém-disponível para encontrar o segundo jogador e batalhar lá.
A Pokédex pode ser atualizada para a Pokédex Nacional em qualquer jogo. A Pokédex Nacional permite registrar Pokémon de todas as regiões do mundo Pokémon, em vez da área local de cada jogo. Conecte-se com um segundo jogador rodando "Pokémon Fire Red" ou "Pokémon Leaf Green" através do Pokémon Record Center. Troque qualquer Pokémon para desbloquear automaticamente a Pokédex Nacional. Trocar Pokémon com qualquer outra versão não desbloqueará a Pokédex Nacional.
O limite de tempo na Zona Safari é baseado no número de passos que você dá, não no tempo. Para tempo ilimitado na Zona Safari, fique no mesmo quadrado e pressione as setas direcionais uma vez em cada direção. Isso fará seu personagem girar, mas não se mover. No entanto, ainda desencadeará batalhas com Pokémon selvagens. Alternativamente, se você tiver a Bicicleta Acro, segure o botão "B" para subir na bicicleta e andar. Isso permitirá mover-se pela Zona Safari sem gastar passos.
A Master Ball é um tipo de Pokébola usada para capturar Pokémon extremamente poderosos ou raros. Latios ("Ruby") e Latias ("Sapphire") são os Pokémon mais raros nestes jogos. Para obter a Master Ball e uma pepita de ouro, entre no esconderijo da Team Aqua/Team Magma e siga os teleportes até o escritório. Pegue a Pokébola mais à esquerda.