Os lendários Pokémon Deoxys e Jirachi vêm da terceira geração de jogos Pokémon. Diferente de outros Pokémon, você não pode capturar Deoxys e Jirachi apenas com o cartucho de Pokémon Ruby Version. Você poderia ter adquirido legitimamente qualquer um dos Pokémon em um evento da Nintendo por volta do lançamento do jogo em 2004, mas agora só pode obter os Pokémon com a ajuda de um Action Replay (ambos os Pokémon) ou do Disco Bônus de Pokémon Colosseum (apenas Jirachi).