"Shadow the Hedgehog" mantém a jogabilidade de plataforma rápida que fez a série "Sonic the Hedgehog" famosa enquanto introduz elementos de moralidade, permitindo Shadow fazer suas próprias escolhas que afetam a história. A forma mais dramática que isso impacta a jogabilidade é através das habilidades especiais Chaos Control e Chaos Blast. Em particular, Chaos Blast é concedido a jogadores que realizam missões como personagem Dark (malvado).
Escolha jogar uma missão no modo "Dark" na tela que oferece essa opção antes de começar uma fase. Modos "Hero" e "Neutral" também estão disponíveis, e quando uma missão permite apenas a opção "Neutral", indica que você pode usar tanto Chaos Control quanto Chaos Blast naquela missão.
Mate personagens não-jogadores que lutam do lado "Hero", como Soldados Gun. Isso enche a Barra de Chaos Blast vermelha na sua tela. Quando encher totalmente, Shadow começa a brilhar vermelho, e continuará brilhando enquanto a barra diminui, até ambas esvaziarem.
Pressione "Y" para soltar o Chaos Blast, uma explosão que preenche a tela e dizima oponentes e itens destrutíveis no ambiente. Pode ser usado quatro vezes com a Barra de Chaos Blast cheia.