"Metal Gear Solid: The Twin Snakes" apresenta uma impressionante lista de chefes. O jogo é um remake do original "Metal Gear Solid" e sua sequência, "The Sons of Liberty", feito exclusivamente para o Nintendo GameCube. Os chefes encontrados incluem tanto novos personagens quanto velhos favoritos.
Primeiro chefe do jogo. Derrote-o atirando três vezes na cabeça enquanto desvia dos tiros que ele dispara.
Aparece no meio do campo de neve. A melhor estratégia é usar claymores para desabilitar o tanque e depois granadas para matar o artilheiro enquanto se agacha abaixo de sua linha de visão.
Terceiro chefe, requer reflexos rápidos e combos de soco/chute. Usa traje de camuflagem e teleporte, mas seus ataques são de curto alcance. Derrote-o usando óculos térmicos, rolando rapidamente para fora do alcance de seus ataques e contra-atacando.
Quarto chefe, tem habilidade de se camuflar e lança bolas de energia e objetos da sala. Use óculos térmicos e o "Nikita" para socá-lo quando estiver ao alcance. Quando a mensagem "HIDEO" aparecer na tela, pause o jogo e mude o controle da primeira para a quarta porta.
Quinto chefe, um duelo de snipers. Use óculos de visão noturna e os pilares como cobertura. Quando o laser de seu rifle não estiver mais visível, equipe o rifle PSG1-T, agache-se no centro da sala e atire na cabeça dela três vezes.
Sexto chefe, helicóptero de ataque russo. Circula sua posição disparando mísseis e rajadas de metralhadora. Use o míssil Stinger e atire da proteção da porta para derrubá-lo.
Sétimo chefe, segundo encontro com Sniper Wolf. O cenário florestal torna o uso de colinas e árvores como cobertura essencial. Corra entre coberturas quando possível e atire com o rifle PSG1-T.
Oitavo chefe, sempre segue o mesmo caminho entre as caixas na sala. Derrote-o rapidamente sem ser visto usando minas claymore posicionadas ao longo de sua rota.
Robô gigante fortemente armado com lasers, metralhadoras e mísseis. Quando Rex atira, há tempo para desviar e contra-atacar a cúpula de raios em sua cabeça. Use armadura corporal para reduzir danos. Evite metralhadoras e laser correndo para os lados, e desvie dos mísseis correndo em sua direção.
Chefe final, irmão gêmeo malvado do protagonista. Batalha corpo a corpo com limite de tempo. Use combos de soco e chute para derrotá-lo com contra-ataques. Evite derrubá-lo do penhasco a menos que absolutamente necessário, pois perde tempo valioso enquanto ele sobe de volta.