Clique Configure em "Port 1". Janela "Gamepad" abre. Clique em cada botão (ex.: "B") e pressione a tecla/botão do controle que quer mapear. Repita para todos. Close nas duas janelas.
Clique File → Open. Selecione a ROM → Open. Jogo carrega na janela do emulador.
Dicas
FCEUX (versão moderna do FCE Ultra) tem savestates, turbo, gravação de vídeo, netplay. Configure "Video" para filtro CRT/scanlines se quiser visual retrô.