Mega Man X deve trabalhar com seu parceiro Zero para manter a paz em Doppler Town, onde robôs e humanos vivem em harmonia. A dupla deve enfrentar uma série de robôs malignos antes de encarar o Dr. Doppler em "Mega Man X3". Este título de 1995 para Super Nintendo inclui vários segredos e códigos de trapaça para ajudar seu progresso.
Vá à seção de senhas no menu principal e insira estes códigos para ativar os truques. Insira "3661 4888 3327 8221" e os robôs-chefes Blast Hornet, Gravity Beetle, Blizzard Buffalo, Toxic Seahorse, Crush Crawfish, Volt Catfish e Tunnel Rhino já estarão derrotados. Para obter todos os sub-tanques, heart tanks, armaduras de ride, armadura normal, armas Maverick e a Z-Saber, use o código "1454 3365 6162 7183".
Se Zero está vivo ou morto afeta o final do jogo. Insira o código "6464 4355 6878 7356" para chegar ao final com ele vivo, e "6464 4355 6878 7355" com ele derrotado.
Para este truque, você deve ter todos os outros power-ups do jogo (pode usar o código da seção 1) e sua barra de vida deve estar cheia. Perto do final da primeira fase do laboratório de Doppler, você encontrará um poço com bolas com espinhos caindo. Agarre-se ao lado esquerdo deste poço e deslize para acessar uma sala secreta. Aqui encontrará uma cápsula que permite obter um chip dourado. Isso torna a armadura de Mega Man X dourada e dá os benefícios de todos os outros chips colecionáveis.
Após derrotar dois robôs-chefes, você pode entrar em teletransportadores nas fases de Volt Catfish, Blizzard Buffalo e Crush Crawfish. Eles levam ao mini-estágio do Vile. Use as armas obtidas após vencer Neon Tiger ou Crush Crawfish para derrotar Vile e chegar ao final do estágio antes do tempo acabar. Complete todas as fases dos robôs-chefes para chegar ao segundo nível da Fortaleza Doppler. Troque de Mega Man X para Zero pouco antes de chegar ao robô-inseto. Este robô danificará Zero e ele dará a Mega Man sua arma Z-Saber. Carregue com o botão "Y" antes de atirar.