Como na maioria dos jogos Final Fantasy, Final Fantasy X contém muitas áreas secretas e bônus. A maioria dos segredos é acessível após completar cerca de 95% do jogo. Jogadores neste ponto ganham acesso a uma aeronave que permite mover-se pelos locais do mapa descobertos no jogo normal. Revisitar estas áreas e rejogá-las fora do contexto da trama regular permite descobrir segredos antes inacessíveis.
Após completar a luta contra o chefe nas Ruínas de Zanarkand, você ganha acesso à Aeronave, que permite escolher qualquer destino visitado anteriormente. No entanto, ao escolher o destino Highbridge, a história continua e você não poderá mais explorar Spira livremente! Além de escolher locais no menu de navegação da Aeronave, você também pode encontrar locais escondidos movendo o cursor para as coordenadas aproximadas das áreas secretas e pressionando "X" para buscar a região. As localizações escondidas estão nas seguintes coordenadas:
Templo Baaj: X= 11-16; Y= 57-63
Deserto Sanubia: X=12-16; Y= 41-45
Cachoeira Besaid: X= 29-32; Y=73-76
Ruínas Mi'ihen: X= 33-36; Y= 55-60
Local de Batalha: X= 39-43; Y=56-60
Ruínas Omega: X= 69-75; Y= 33-38
As Ruínas Omega são uma área extremamente desafiadora e um lugar fantástico para ganhar pontos de experiência e subir de nível rapidamente.
Novamente, a bordo da Aeronave, vá à função "Input" no menu de navegação. As seguintes senhas levam a locais escondidos onde pode coletar armas secretas poderosas. Porém, ainda precisará completar várias missões para ativá-las.
Senha 1: GODHAND — ganhe a arma lendária de Rikku de um baú no Caminho da Rocha Cogumelo.
Senha 2: VICTORIOUS — ganhe a armadura lendária de Rikku escalando um galho em Besaid.
Senha 3: MURASAME — ganhe a armadura lendária de Auron nas ruínas de Besaid.
Cada personagem tem uma arma especial com poderes extraordinários. Cada arma requer certos itens e tarefas para ser usada. Os itens são necessários apenas para usar as armas. Armas podem ser obtidas antes dos itens, mas permanecerão travadas até encontrá-los.
Personagem: Tidus
Arma: Caladbolg
Itens: Crista Solar, Sigilo Solar
Tarefas: Corra e vença o treinador de Chocobo nas Terras Calmas com tempo 0:00
Personagem: Yuna
Arma: Nirvana
Itens: Crista Lunar, Sigilo Lunar
Tarefas: Capture todos os nove tipos de fiends nas Terras Calmas, volte à Arena de Monstros e fale com o dono. Ele produzirá baú com Nirvana.
Personagem: Auron
Arma: Masamune
Itens: Crista de Marte, Sigilo de Marte
Tarefas: Obtenha Espada Enferrujada, na falésia leste da Caverna do Fayth Roubado. Leve à estátua do Lorde Mi'ihen no Caminho da Rocha Cogumelo. Coloque a espada antes da estátua para revelar Glifo. Toque o Glifo para revelar local da espada.
Personagem: Wakka
Arma: World Champion
Itens: Crista de Júpiter, Sigilo de Júpiter
Tarefas: Possua Espelho Celestial. Fale com barman no Café Luca. Ele só entrega World Champion se jogou Blitzball frequentemente.
Personagem: Kimahri
Arma: Spirit Lance
Itens: Crista de Saturno, Sigilo de Saturno
Tarefas: Ative as três Pedras Qactaur nas Planícies de Trovão. Fique na frente e pressione quadrado. Uma vez ativadas, um fantasma Qactaur aparecerá. Siga até ruínas de torre de raio e pressione quadrado. Raio atingirá a torre e revelará baú.
Personagem: Lulu
Arma: Onion Knight
Itens: Crista de Vênus, Sigilo de Vênus
Tarefas: Volte ao Templo Baaj e mergulhe. Nade para as portas do templo e lute contra chefe Geosgaeno. Após a luta, procure a parte sul subaquática para encontrar baú.
Personagem: Rikku
Arma: Godhand
Itens: Crista de Mercúrio, Sigilo de Mercúrio
Tarefas: Insira senha GODHAND na aeronave para revelar local secreto. No local, viaje pelo desfiladeiro e use Espelho Celestial no símbolo nas rochas.
Além dos Aeons obtidos no jogo, existem três Aeons adicionais.
1) Yojimbo: Vá às Terras Calmas. Vá à ponte para Monte Gagazet. Há uma ravina sob a ponte. Desça para encontrar a Caverna do Fayth Roubado. O fantasma de um invocador morto chamará Yojimbo. Derrote Yojimbo e explore a caverna. Na Câmara do Fayth, fale com Yojimbo e negocie taxa. Na primeira oferta, ofereça metade do preço dele + 1 Gil. Ele contra-oferecerá; aumente em 1 Gil. Contra-oferecerá novamente, propondo 205.000 Gil. Ofereça 200.000 Gil e deve aceitar. Isso o contrata pelo menor valor. Se triplicar o preço dele em qualquer momento, dará duas Esferas de Teleporte e seus serviços. Pagará Yojimbo toda vez que invocá-lo. Quanto mais oferecer, mais fortes seus ataques.
2) Anima: Adquirir Anima leva vários passos mas vale a pena. Primeiro, vá ao Templo Baaj e derrote chefe Geosgaeno. Após a luta, entre no templo e vá à Câmara do Fayth. Há seis estátuas ativáveis com vários itens. Você deve ter cinco já. O último está na Cúpula de Zanarkand. Volte à Aeronave e voe à Cúpula. Nova solução de puzzle aparecerá no chão. Complete para descobrir Esfera de Destruição. Coloque no slot à direita do monitor na sala grande e a tela explodirá, revelando Vara Magistral. Volte ao Templo Baaj. As seis estátuas ativarão, permitindo entrar na Câmara do Fayth. Adquiriu Anima.
3) As Irmãs Magnus: Para obtê-las, deve já possuir todos os outros Aeons, incluindo Yojimbo e Anima. Também deve derrotar todos os Aeons que Belgemine desafia. Capture todos os fiends necessários do Monte Gagazet. Volte à Arena de Monstros das Terras Calmas, onde o dono recompensará com Coroa de Flores. Vá ao Templo Remiem e lute contra Belgemine (a invocadora que conheceu na Estrada Mi'ihen). Derrote Spathi e receba Cetro de Flores. Use Coroa de Flores e Cetro para abrir porta no fundo do templo. Derrote as Irmãs Magnus para adquiri-las.