Naughty Bear tem história central dividida em episódios, com várias missões em cada. Completar episódios é crucial para progressão; missões são opcionais e dão conteúdo extra. Missões não são "obtidas" formalmente — só podem ser cumpridas dentro de um episódio.
Episódio 1: Destrua 1 Gift. Missão opcional: destruir até 3 Gifts jogando no vaso. Após chegar na fábrica e matar os ursos lá, procure Gifts e jogue no vaso próximo. 3 destruídos = missão completa.
Episódio 2: Destrua 5 Rosettes. Nem todo urso usa. Observe bem quem matar. Após matar, queime os corpos para contar. Ursos com Rosettes ficam no Rally ou Clubhouse.
Episódio 3: Elimine 3 Fluffy Bird Cams. Pássaros brilhantes nas laterais de prédios. Use arma de longo alcance para atirar de longe. Locais: atrás do carro no telhado, no cais, no prédio em frente ao cais.
Episódio 4: Queime 3 Deadbook Pages. Jogue em fogueiras próximas. Locais: ao lado da fogueira, num barco no cais, na mesa de disco (disco turntable).
Episódio 5: Destrua 2 Badges. Carregados só por unidades B.E.A.R. com pistolas silenciadas. Após matar, marque onde caíram para voltar e destruir Badges após completar episódio.
Episódio 7: Destrua 2 Alien Devices escondidos. Ambos nos cais: um no cais com barco, outro no cais sem barco. Aproxime e destrua no corpo a corpo.
Episódio 6: Destrua 2 dispositivos Z.P.Q.G.R.. Um ao lado da cabana perto da ponte, outro dentro da sala de fliperama. Aproxime no melee e bata até destruir.