Os poderes de Alex Mercer em "Prototype" fornecem as habilidades necessárias para sobreviver contra os numerosos soldados armados que encontra. Relacionados à sua capacidade de mudar de forma e absorver biomassa de outras criaturas, a maioria dos poderes precisa ser desbloqueada alcançando uma missão específica ou realizando uma tarefa e, depois, comprada com pontos de evolução. Obter todas as habilidades exige grande investimento em pontos, mas a maioria dos passos de desbloqueio é linear.
Complete a seção de tutorial no início de "Prototype". Os poderes Lâmina, Armadura, Consumir e Disfarce são desbloqueados automaticamente. Não custam pontos de evolução.
Consuma um Hunter para desbloquear o poder Garras. Não custa pontos de evolução.
Complete as missões da história até chegar a "O Último Homem". Isso marca o ponto em que você teria desbloqueado todos os poderes baseados no progresso da missão. A maioria dos poderes é desbloqueada dessa forma.
Compre os poderes: Espiga Terrestre, Espiga Terrestre Aprimorada 1, Punho Martelo, Chicote, Massa Muscular, Dash Aéreo, Dash Aéreo Duplo, Salto Aprimorado 2, Salto Aprimorado 3, Massa Crítica, Impulso Massa Crítica 1, Aumento de Vida 1 e Atraso de Regeneração 1. Todos são pré-requisitos para desbloquear poderes adicionais.
Compre os poderes restantes com pontos de evolução. Neste ponto, todos os poderes disponíveis estão desbloqueados.