Ninja Gaiden Sigma começa com o herói Ryu carregando a Espada Dragão e Shurikens regulares (estrelas de arremesso). À medida que sua aventura continua, os jogadores podem encontrar e usar armas como arcos e flechas, nunchakus e diferentes tipos de espadas.
Para obter a espada Dabilahro, você deve coletar 20 Escaravelhos. Você deve comprar a Espada de Madeira do mercador e depois atualizá-la totalmente coletando Essência Amarela de inimigos derrotados e comprando melhorias do mercador. Quando completa, a arma se transformará na espada Unlabored Flawlessness. Complete o Capítulo 14 e pegue a espada Kitetsu quando começar o Capítulo 15. Para obter a Sabre de Plasma, você deve vencer Ninja Gaiden Sigma no modo normal ou difícil.
Procure o corpo morto no Capítulo 4 para pegar o Nunchaku padrão. Abra o baú no Túmulo das Eras no Capítulo 7 para obter os Flails Vigoorianos, que são nunchakus com lâminas.
Encontre e destrua o grande pote no início do Capítulo 4 para obter um Cajado Lunar. Volte ao Mosteiro no início do Capítulo 10 para encontrar um Martelo de Guerra. No início do Capítulo 13, inspecione o corpo morto e pegue a Lança de Projéteis.
Abra o baú no altar no início do Capítulo 2 para obter Bombas de Fumaça. No início do Capítulo 6, suba na parede com linhas azuis e pule na saliência para obter o Shuriken Moinho de Vento. Entre na Sala de Arquivos no Capítulo 7 e procure a área para obter o Shuriken Incendiário.
Encontre Ayane no Capítulo 2 e pegue o Arco dela. Perto do final do Capítulo 10, derrote o soldado com o lançador RPG para ganhar o Strongbow. Jogue o Capítulo 9 para obter tanto os Núcleos APFSDS quanto as Flechas Explosivas.