No jogo "Pokémon SoulSilver", você começa na região de Johto, capturando os Pokémon que vivem lá e batalhando contra Treinadores, rivais e Líderes de Ginásio. Os Pokémon que você captura e vê em sua jornada são registrados na sua Pokédex, um banco de dados que contém todas as informações que você quer saber sobre um certo Pokémon. A Pokédex Nacional permite registrar todos os Pokémon de Kanto, outra região que você pode acessar no jogo.
Derrote todos os oito Líderes de Ginásio na região de Johto; agora você pode entrar na Liga Pokémon. Desafie e derrote a Elite Quatro e o Campeão da Liga Pokémon para se tornar o novo campeão de Johto. Vá para Olivine City e embarque no S.S. Aqua. O Professor Oak o encontrará lá e lhe dará a Pokédex Nacional.
Desembarque do S.S. Aqua; você estará agora na região de Kanto onde pode encontrar os 150 Pokémon originais do jogo. Agora que tem a Pokédex Nacional, pode encontrar esses Pokémon em Kanto e Johto.
Derrote treinadores e todos os oito Líderes de Ginásio na região de Kanto; isso ajudará você a ver uma variedade de novos Pokémon para ajudar a completar sua Pokédex Nacional.
Vagueie pela grama alta e cavernas para encontrar Pokémon selvagens; batalhe para reduzir a vida do Pokémon e capture com Pokébolas. Apenas avistar um Pokémon selvagem já o registra na Pokédex Nacional. Existem certas árvores que você pode usar cabeçada no jogo; fazer isso pode resultar em encontro com Pokémon selvagem. Alguns tipos Inseto e Voador só podem ser encontrados assim.
Capture Pokémon usando suas varas de pesca; a Super Vara é a melhor do jogo e capturará tipos Água raros como Poliwhirl e Dragonair.
Troque Pokémon com seus amigos usando o recurso Sala União, localizado em qualquer Centro Pokémon. Se seu amigo tem um Pokémon que você não encontrou ainda, trocar ajudará a completar a Pokédex Nacional. Alguns Pokémon só evoluem via troca, como Golbat, Onix, Machoke e Seadra.