Flipnote Hatena é um site para usuários do Flipnote Studio no DSi compartilharem, editarem e comentarem Flipnotes que criam. Enquanto o Flipnote Studio tem opções de cor limitadas — vermelho, preto e azul — o site Hatena permite usar várias cores ao comentar ou postar mini-Flipnotes ao fazer upgrade para Flipnote Hatena Plus, a versão paga. Porém, Hatena oferece um trial deste serviço a todos usuários registrados.
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