"SpongeBob Atlantis SquarePantis" é um jogo de aventura de plataforma onde SpongeBob e amigos fazem uma viagem involuntária ao reino perdido de Atlântida e o jogam em turbulência. Enquanto tentam devolver vários objetos de valor e tesouros nacionais aos seus devidos lugares, você é encarregado de buscar uma pérola azul, que mais tarde se encaixa em um pilar e é necessária para progredir no jogo.
Entre na Caverna de Coral e caminhe até o fundo, onde um grande galeão pirata afundou.
Ative a chave e use a ponte para acessar o navio.
Evite as águas-vivas na primeira sala. Pule o vão exposto até a metade traseira do navio, então caia no buraco no convés para iniciar uma "batalha de chefe", que geralmente é uma luta contra um oponente mais difícil.
Ataque o cristal que se ativa, recuando uma curta distância após cada golpe para evitar seu contra-ataque. Uma vez que o cristal seja derrotado, colete a pérola azul que ele libera.