A Parte Misteriosa e a Laje Secreta são itens funcionalmente idênticos em "Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Time", "Explorers of Darkness" e "Explorers of Sky". Quando tem um no inventário, certos Pokémon lendários começam a aparecer nos andares de várias dungeons. Geralmente obtidos como recompensa de missões aleatórias do sistema Wonder Mail.
Recrute Manaphy falando com ele no jogo, e faça seu companheiro controlado pelo computador fazer o mesmo. Não receberá Partes Misteriosas ou Lajes Secretas até recrutar Manaphy e ele contar sobre o Resort Marinho.
Abra uma mensagem no seu Wonder Mail. Frequentemente contêm senhas para anotar. Senhas também podem ser encontradas no site oficial Pokémon, dando acesso a missões e dungeons únicas.
Insira a senha na opção Wonder Mail no menu do personagem. Isso colocará a missão na Lista de Trabalhos.
Realize a missão designada. Variam de escoltas simples em dungeons de nível baixo a batalhas perigosas em dungeons de nível alto. Ao completar, recebe recompensa aleatória. Ocasionalmente será Parte Misteriosa ou Laje Secreta, para ir buscar seus Pokémon lendários.