Pokémon iniciais são os três primeiros Pokémon disponíveis ao jogador ao iniciar um novo jogo. Em "Pokémon SoulSilver", os iniciais são Chikorita, Cyndaquil e Totodile — também conhecidos como Iniciais de Johto, pois o jogo começa na região de Johto. Os Iniciais de Hoenn, Treecko, Torchic e Mudkip, são os Pokémon iniciais de "Pokémon Emerald", "Ruby" e "Sapphire". Os Iniciais de Hoenn estão disponíveis em "Pokémon SoulSilver", mas você deve terminar a história principal primeiro.
Jogue a história do jogo. Derrote o chefe final Red usando seus melhores Pokémon para completar a história.
Vá para a Silph Co. Headquarters em Saffron City após derrotar Red no Mt. Silver.
Fale com Steven Stone ao lado da recepção no primeiro andar da Silph Co. Ele pedirá para você escolher uma de três pedras coloridas.
Selecione a Pedra Verde para obter Treecko. Selecione a Pedra Vermelha para obter Torchic. Selecione a Pedra Azul para obter Mudkip.