Jogadores de "Pokémon SoulSilver" podem salvar o jogo manualmente e continuar de onde pararam. Existe apenas um arquivo de save por cartucho. Para iniciar um novo jogo, é necessário apagar o save atual, o que é irreversível.
Insira "Pokémon SoulSilver" no slot superior do Nintendo DS e ligue o console. Selecione o jogo com a stylus. O jogo iniciará.
Pressione qualquer botão para pular para o menu principal. Pressione simultaneamente "B", "Select" e "Cima" no D-pad. Na tela superior aparecerá "Delete all saved data?".
Pressione "A" e "Cima" no D-pad para confirmar a exclusão. O jogo avisará que o save não poderá ser recuperado. Selecione "Yes" pressionando "Cima" e "A".
Aguarde a exclusão completa. Não desligue o console durante o processo. Volte ao menu principal e selecione "New Game" para começar.