Groudon, Rayquaza e Kyogre são Pokémon lendários que aparecem em vários jogos de Nintendo DS. Para obtê-los em HeartGold, é necessário recorrer a outros jogos da série. Segundo a Pokédex: Groudon dorme em magma após batalha contra Kyogre; Kyogre repousa em uma fossa marinha; Rayquaza habita a camada de ozônio. Você precisará de um amigo e um segundo Nintendo DS para capturar os três.
Insira Pokémon SoulSilver no seu DS. Pegue seu inicial com o Professor Oak em Pallet Town. Derrote o treinador Red e vá à Rota 30 (Johto, norte de Cherrygrove City, sudeste de Violet City).
Fale com o Sr. Pokémon na Rota 30 para receber a Red Orb. Vá à Rota 46 (Johto, leste da Rota 30, noroeste de New Bark Town). Entre na Torre Embutida (Embedded Tower) e chegue ao fim para encontrar Groudon nível 50. Enfraqueça-o e capture com uma Poké Ball.
Peça ajuda a um amigo. Ambos precisam do Pal Pad (obtido no Wi-Fi Club de Oreburgh City) para trocar. Vão ao andar inferior de qualquer Centro Pokémon, falem com a atendente do Wi-Fi Club, respondam "Sim" quatro vezes para entrar na tela de troca. Transfira Groudon para seu HeartGold.
Jogue HeartGold: pegue o inicial com o Professor Oak, derrote Red. Fale com o Sr. Pokémon na Rota 30 para receber a Blue Orb. Leve-a ao fim da Torre Embutida para encontrar Kyogre. Enfraqueça e capture.
Com Groudon e Kyogre no seu HeartGold, visite o Professor Oak em Pallet Town. Você receberá a Jade Orb. Vá à Torre Embutida na Rota 46 pela terceira vez para encontrar Rayquaza no fim. Enfraqueça e capture com uma Poké Ball.