Kyogre, um dos raros Pokémon lendários da série Nintendo, não está disponível tecnicamente no Pokémon SoulSilver, sendo exclusivo do lançamento simultâneo Pokémon HeartGold. A intenção é que os jogadores troquem entre jogos para completar suas coleções. No entanto, é possível obter Kyogre no SoulSilver sem trocar diretamente.
Capture um Kyogre no Pokémon Sapphire (localizado na Caverna da Origem) ou no Pokémon Emerald (localizado na Caverna Marinha).
Obtenha pelo menos outros cinco Pokémon.
Coloque o Kyogre capturado e os outros Pokémon no BOX 1 em qualquer PC nos Centros Pokémon das cidades.
Insira o cartucho de Pokémon Sapphire ou Pokémon Emerald no slot Game Boy Advance (SLOT-2) na parte inferior do Nintendo DS. O DS também deve ter Pokémon SoulSilver no slot de cartão DS (SLOT-1).
Ligue o Nintendo DS e selecione Pokémon SoulSilver. No menu principal do jogo, a opção "MIGRATE FROM SAPPHIRE" ou "MIGRATE FROM EMERALD" aparecerá.
Selecione a opção de migração. Será perguntado se deseja migrar os Pokémon. Selecione "SIM" duas vezes. A próxima tela mostrará os Pokémon armazenados no seu PC Box no jogo de GBA.
Selecione Kyogre e outros cinco Pokémon na tela e escolha "SIM" quando solicitado para continuar. Os dados dos Pokémon serão salvos no cartão de Pokémon SoulSilver. O jogo retornará ao menu principal.
Inicie seu jogo salvo de Pokémon SoulSilver e entre no Pal Park, localizado na extremidade norte de Fuchsia City.
Entre no prédio principal (com logotipo de Poké Ball acima da porta) e fale com o homem atrás do balcão. Ele perguntará se você quer participar do "Catching Show". Selecione "SIM" e ele se afastará.
Saia pela porta traseira para o Pal Park. Vá para a direita, em direção à seção Mar (Sea). Aqui uma batalha contra Kyogre começará e você terá a opção de jogar uma Poké Ball.
Selecione "Ball" e Kyogre será capturado.