Pokémon Fire Red tem vários glitches que afetam o jogo. Um afeta a precisão de ataques, outro pode travar o jogo. Alguns são visuais, sem afetar a jogabilidade. A maioria apareceu no lançamento em 2004; alguns foram corrigidos em edições posteriores.
Capture um Ditto em Fire Red nas cavernas de Cerulean. Transfira Ditto para o Daycare Couple em Pokémon Sapphire. Ande de bicicleta pela área por um tempo. Rode o daycare até o velho sair do portão e dar um ovo. O ovo chocará na forma mais nova do Pokémon que você colocou no daycare.
O Pokerus é um glitch que aumenta pontos de experiência de Pokémon que nunca fogem de batalha. Se seus Pokémon em batalha precisarem de HP, use poções, mas não os tire da luta. Não leve ao Centro Pokémon. Eles desenvolverão o Pokerus. O vírus se espalha para todo o time. Você notará aumento significativo de poder e vida.
O Poison Sting é um ataque de tipo Inseto. Se cronometrado certo, acerta sempre. Pressione A no momento exato que a bolha passa pela mão do seu Pokémon. O ataque não funciona em Pokémon tipo Inseto.
Este glitch permite batalhar um treinador sobre a água. Você precisa de Pokémon entre níveis 20 e 30 com Surf e Fly. Também precisa da Poké Flauta. Voe para Fuchsia City. Vá leste à torre de guarda. Siga o caminho até a água. Use Surf para deslizar. Não volte à terra. Um treinador júnior o desafiará. Após a batalha, ainda poderá surfar.
Em vários momentos, ataques como Thunderbolt podem congelar o Game Boy Advance. O efeito sonoro continua, mas o jogo não responde. Não há aviso; o console deve ser desligado e reiniciado.