A habilidade de explorar um local especial sob o mundo de superfície de "Pokémon Pearl" é uma das características únicas deste jogo. Os jogadores assumem o papel de mineradores amadores explorando vastos túneis subterrâneos que abrangem o continente de Sinnoh. A área contém prêmios como Fósseis de Armadura, Pedras d'Água e Placas Tóxicas. A atração de escavar tesouros e fósseis é o principal motivo, mas a experiência fica mais divertida com amigos.
Entre na casa ao lado do Centro Pokémon em Eterna City. Fale com o Homem do Subterrâneo dentro; ele dará o Kit de Explorador (Explorer Kit).
Saia e use o Kit de Explorador para ser transportado ao Subterrâneo. Caminhe pelas passagens sinuosas e túneis.
Toque a tela sensível no Nintendo DS para enviar pulso de sonar. Verifique o mapa na tela superior para localizações de tesouros enterrados nas paredes.
Vá a uma área indicada no mapa por brilho amarelo e pressione "A" nas paredes. Se receber mensagem que a parede está levemente saliente, escolha a opção de escavar. Entra num mini-game onde escolhe entre picareta ou martelo para cinzelar a rocha e localizar tesouros. Toque a tela inferior com a stylus para remover escombros do tesouro. Se desenterrar completamente um item, é seu.
Jogue com outros no Subterrâneo usando a função Wi-Fi do Nintendo DS. Se você e outro jogador estiverem próximos no Subterrâneo, poderão interagir no mesmo labirinto.