Em "Naruto: Clash of Ninja Revolution", Naruto e rivais enfrentam-se em modos como "Versus", "Missão" e "Sobrevivência". Até quatro lutadores competem em livre-para-todos ou batalhas em equipe. Para derrotar inimigos, deve aprender funções dos botões do Wii Nunchuk no jogo. O Nunchuk é usado em dois modos: "Estilo Movimento" e "Estilo Botão".
Use o D-pad no modo "Estilo Movimento": "Esquerda" troca o alvo em multiplayer e reseta personagens no treino. "Baixo" ou "Direita" executa jutsu especial. No "Estilo Botão", o D-pad funciona similar, mas "Baixo" faz ataque fraco e "Direita" solta jutsu especial. Essa é a única diferença.
Use o analógico do Nunchuk, em qualquer modo, para mover o personagem. Em ambos, botão "A" faz ataque forte e "C" arremessa objetos e personagens.
Pressione "-" e "+" juntos para pausar em ambos modos. "B" ou "Z" em qualquer modo faz jutsu de substituição e desvia ataques. Em ambos, mover o Wii Remote faz ataque fraco ou carrega jutsu especial. Mover o Nunchuk também carrega jutsu especial e pode desviar projéteis.