Existem tecnicamente duas histórias em "Assassin's Creed" — a de Desmond Miles no presente e a de seu ancestral Altair durante as Cruzadas. Você aprende mais sobre Altair automaticamente ao jogar, mas precisa explorar e investigar no laboratório da Abstergo para aprender sobre Desmond e sua conexão com Lucy Stillman e Warren Vidic. Uma forma de aprender mais é acessando o computador de Lucy.
Jogue até completar o Bloco de Memória 2, onde assassina Tamir. Fale com Lucy ao sair do Animus, depois vá até o computador dela e pressione "X" no PS3 ou "A" no Xbox 360 para interagir.
Acesse o computador de Lucy para ler seus emails sempre que vocês dois estiverem sozinhos no laboratório ou quando Lucy e Vidic saírem da sala.
Jogue até o final, quando mata Al Mualim. Ao sair do Animus, há uma cena entre Lucy, Vidic e homens misteriosos. Assista e use Visão de Águia para ver mensagens e imagens ocultas nas paredes e chão.
Espere Vidic e Lucy saírem do laboratório, vá ao seu quarto. Olhe a parede atrás da cama e use Visão de Águia novamente. Você perde controle de Desmond enquanto ele olha a parede e faz perguntas, então os créditos rolam.
Espere os créditos terminarem. Quando acabarem, você recupera controle de Desmond. Volte ao laboratório e use o computador de Lucy perto do Animus. Leia a mensagem na pasta "Itens Excluídos" para dicas sobre "Assassin's Creed II".