"Fallout 3" mistura elementos clássicos de RPG com sistema de combate similar a jogo de tiro. Durante o jogo, você adiciona pontos às habilidades do personagem. Cada habilidade vai de 1 a 100. Para maximizar habilidades e habilidades especiais (SPECIAL), você deve fazer do jeito tradicional — subindo de nível (level up).
Saia de qualquer prédio ou cidade e vá para o Deserto da Capital (Capital Wasteland). Inimigos como mutantes e animais mutados só aparecem quando seu personagem deixa a segurança de cidades e prédios. Mercenários também só aparecem no Deserto.
Explore o Deserto e entre em batalha com qualquer inimigo que vir. Fique alerta: a maioria dos animais mutados e mutantes atacará imediatamente. Ganhe pontos de experiência e suba de nível matando todos os inimigos.
Adicione seus pontos de habilidade e pontos de perk às várias habilidades. Ao subir de nível, uma janela permite colocar 20 pontos em qualquer habilidade e escolher um novo perk ou melhorar um existente. Coloque todos os 20 pontos e desbloqueie novo perk antes de continuar.
Repita até maximizar todos os stats. Ex: quando uma habilidade comum chegar a "100", passe para a próxima no próximo level up. Quando desbloquear todos os perks, comece a melhorá-los individualmente.