O combate na série "Yakuza" sempre priorizou artes marciais corpo a corpo, com foco secundário em espadas e terciário em armas de fogo. Diferente de muitos jogos, "Yakuza 3" não oferece munição abundante nem grande variedade de armas. Ainda assim, elas podem ser eficazes contra grupos grandes ou chefes difíceis. Desenvolvedores e especialistas recomendam usar o sistema de golpes "Heat" em vez de tiroteios.
Contatos NPC: Após o capítulo 4, certos NPCs dão uma senha e levam você a uma van de vendedor de armas.
Vans de vendedores: Vans brancas espalhadas pelo mundo vendem pequenas seleções de armas, mas são extremamente caras.
Corpos de capangas: Após certos combates, inimigos derrotados podem deixar armas para serem recolhidas.
Armários nos capítulos 2 e 3: Alguns armários contêm espingardas e pistolas.