Em Digimon World Three, você ajuda os digimon a recuperar memórias perdidas e restaurar a ordem na cidade. Joga como Junior, preso no Mundo Digital por ataque terrorista, e deve batalhar com seus amigos. Começa com um digimon na forma mais nova. Batalha e captura digimon selvagens para salvar a cidade. Eles devem ser tratados de forma específica para serem domesticados para batalhas. Domar é processo de alimentar, batalhar e treinar em ginásios locais.
Leve digimon aos ginásios locais. O digimon inicial pode ir lá ganhar experiência. Ginásios existem em todas as cidades principais. South Cape tem ginásio perto do lago onde digimon são testados e sobem de nível.
Batalhe seu digimon contra um selvagem. Seu digimon ganha XP e aprende novas técnicas. Selvagens aparecem e atacam enquanto você viaja, como nas estradas.
Descanse seu digimon após cada batalha, permitindo recuperar força para o próximo confronto.
Cuide do seu digimon o máximo possível. Alimentar e levar ao banheiro são essenciais para ganhar confiança e obediência.