Embora não haja cheats tradicionais de digitação de código em "Mega Man Legends" (1998), existem glitches exploráveis e oportunidades de ganhar dinheiro (Zenny) para trapacear. Aproveitar glitches facilita progressão nas batalhas. Com Zenny, moeda do jogo, obtém armas e itens poderosos.
Dentro do shopping, verá uma lata no chão. Se chutar a lata para dentro da Padaria Jetlag, ganha 1.000 Zenny. Pode repetir quantas vezes quiser para Zenny infinito, mas afeta negativamente a reputação de Mega Man.
Se segurar L1 ou R1 ao pular ou rolar para o lado, Mega Man fica momentaneamente invencível. Nas ruínas, pode manipular a câmera para ver inimigos do outro lado de portas fechadas. Fique diante da porta, gire a câmera até ver a próxima sala.
Para desbloquear dificuldade "Hard", termine o jogo e volte à tela de título sem resetar ou desligar. Novo modo aparece em "Opções". Terminar no "Hard" desbloqueia "Easy". Volte à tela de título e a nova dificuldade estará em "Opções". Começa com Jet Skates e capacidade total da arma do braço esquerdo. Ganha mais Zenny ao derrotar inimigos.
Dentro da Flutter após desbloquear Portão Central, pode ganhar Zenny grátis do Data. Fale com ele, escolha "I keep losing fights" e receba 100 Zenny. Ele perguntará se precisa mais. Responda "No, thanks" e ganha 1.000 Zenny. Depois, quando perguntar, continue respondendo "Please" para ganhar quantias crescentes. Ao totalizar 56.100 Zenny do Data, não dá mais.
Pegue refrigerantes grátis na geladeira dentro da Flutter. Também pode chutar máquina de venda automática para ganhar um, mas fazer mais de uma vez destrói a máquina e baixa reputação.