Diferente de consoles concorrentes, o Nintendo 64 armazena dados de save nos controles, não no console. Chamados de Controller Paks, esses cartões de memória permitem salvar progresso, recordes e outras informações que seriam perdidas ao desligar o console. Existem duas formas de apagar saves, dependendo do jogo.
Insira o Controller Pak em um dos controles e ligue o Nintendo 64 mantendo o botão "Start" pressionado no controle conectado à porta 1 do console.
Use o direcional para navegar pelo menu do Controller Pak que aparecer (se o desenvolvedor do jogo utilizou esse recurso).
Destaque os saves que deseja apagar e siga as instruções na tela para deletar os dados selecionados. O espaço liberado poderá ser usado para saves de outros jogos.
Alternativa: Alguns jogos não mostram o menu do Controller Pak na inicialização. Nesses casos, acesse o menu de opções do próprio jogo (geralmente "Options" ou "Save/Load") para gerenciar e apagar arquivos de save individuais.