O chefe final em "Sonic Colors" para Wii e Nintendo DS é o nefário Dr. Eggman, protegido por armadura Nega-Wisp. Dr. Eggman só pode ser derrotado pelo golpe Final Color Blaster, que Sonic realiza no final da luta combinando todos os Wisps que encontrou durante o jogo. Sonic refere-se ao Wisp amarelo como "Drill" (Perfurador), pois este é o poder que o Wisp amarelo concede. Para que o Drill e os outros Wisps se juntem a você na luta, primeiro precisa causar dano a Dr. Eggman.
Evite os obstáculos que Dr. Eggman lança. Na versão Wii, desvie para esquerda ou direita para evitar cubos gigantes que bloqueiam seu caminho. Dê pulo duplo para passar por cima de lasers e bolas de espinhos. Às vezes Dr. Eggman recua atrás de você, fazendo você desviar na direção oposta. Na versão DS, corra para frente e para trás na plataforma flutuante para evitar mísseis. Uma vez passado esses obstáculos, você ficará perto o suficiente da armadura Nega-Wisp para atacar.
Ataque Dr. Eggman mirando um ataque homing em uma de suas garras. Na versão DS, basta acertar o exterior da armadura. A versão Wii é mais complexa. Após ricochetear na garra, rapidamente mire outro ataque mais alto na armadura. Ricocheteie subindo pela armadura até ter um tiro claro na cabine e poder atingir o próprio Dr. Eggman. Esta é a única forma de causar dano a este chefe.
Continue atingindo Dr. Eggman até ser acompanhado pelo Wisp amarelo. Isso geralmente leva três a quatro ataques bem-sucedidos. Os Wisps não ajudam no combate, mas flutuarão ao seu lado até o fim da luta. Continue atacando. Conforme continua danificando-o, será acompanhado pelos Wisps restantes. Quando quase zerar os HP de Dr. Eggman, Sonic ganhará instantaneamente acesso ao Final Color Blaster.