Jogadores de LEGO Batman: The Videogame exploram Gotham City, cidade natal do Batman, como herói e vilão, em 30 fases. Você pode desbloquear duas fases bônus após completar a história básica. São a Mansão Wayne, lar e base do Batman, e o Asilo Arkham, hospital psiquiátrico para criminosos insanos onde muitos inimigos do Batman acabam.
A Mansão Wayne é uma fase secreta acessível apenas por heróis como Batman e Robin. Para desbloqueá-la, complete cada uma das 15 missões de herói e obtenha classificação Super Herói em cada. Para alcançar Super Herói, colete certa quantidade de studs, com valor maior a cada fase. Qualquer herói consegue. A Mansão Wayne é acessível pela porta na sala de troféus dos heróis após desbloqueada.
O objetivo da fase bônus Mansão Wayne é apenas coletar 1 milhão de studs. Contém apenas studs roxos, valendo 10.000 cada, e a fase tem exatamente 100, então deve coletar todos. Studs roxos estão dentro da mansão e nos arredores. Destrua objetos e construa itens com LEGOs para achá-los. A Mansão Wayne tem fase bônus adicional. Encontre todas as peças de computador nas latas de lixo na garagem para montar um computador. Faça Robin usar o computador e jogar um jogo de rolagem lateral para achar mais studs roxos.
O Asilo Arkham só pode ser acessado por vilões como Coringa e Duas-Caras. Similar à Mansão Wayne, desbloqueia após completar todas as 15 fases de vilão com classificação Super Vilão. Porém, fases de vilão só abrem após vencer a fase de herói correspondente, então terá que completar cada fase de herói pelo menos uma vez, com qualquer classificação. O Asilo Arkham é acessado pela ventilação na sala de troféus dos vilões após desbloqueado.
O objetivo é o mesmo da Mansão Wayne: coletar 1 milhão de studs. Porém, diferente da Mansão Wayne, há mais studs que o necessário. A fase tem obstáculos perigosos, como Garotas de Gelo escondidas no labirinto de arbustos, que podem matar antes de coletar todos. Explore interior e terrenos para achar itens quebráveis onde studs podem estar escondidos.