Jogue o Subspace Emissary até chegar à Entrada do Subspace. Nesta fase, você descobre Tabuu e as forças por trás do ataque aos personagens Nintendo.
Destrua os portais para parar a geração de inimigos. Isso é essencial para avançar até o final da Entrada e ativar a cutscene que dá acesso direto ao Subspace. Tabuu transformará seus personagens em troféus.
Use os personagens restantes para vencer as fases do Subspace. Novamente, destrua portais e chegue ao fim. Os vilões Bowser, Dedede, Ganondorf e Wario se juntarão ao seu time para o ataque final à base de Tabuu.
Resolva o Great Maze (Grande Labirinto): Área onde você pode escolher qualquer personagem. Para vencer cada sala, encontre a saída ou derrote a versão sombria do herói/vilão dentro. Ordem livre, mas todas as salas devem ser completadas para acessar Tabuu.
Salve nas Safe Zones (zonas seguras) do Labirinto. É a fase mais longa — não perca progresso. Na zona segura final, você descobre o segredo de Tabuu e seu controle sobre a Master Hand, permitindo enfrentá-lo e resgatar todos sob seu domínio.