Fale com o Capitão Stern em Slateport City após completar os eventos do Monte Pyre. Ele está no cais, cercado pela imprensa. Após conversar, entre no prédio para ouvir a Equipe Magma discutir seu plano. Isso abre a Base Magma.
Vá à Base Magma ao norte de Lilycove City. A base fica em uma caverna cercada por água; use um Pokémon com Surf para atravessar.
Entre na base e use o teletransportador superior na primeira sala. Saia para a próxima sala e use o próximo teletransportador.
Batalhe contra os subordinados da Equipe Magma na próxima sala. Eles usam principalmente Pokémon do tipo Fogo, então prepare Pokémon do tipo Água. Após derrotar ambos, use o teletransportador no canto sudeste.
Batalhe contra o subordinado na sala seguinte e prossiga pela porta para entrar na sala final.
Derrote o primeiro subordinado e use o teletransportador na parte sul da sala, próximo à água. Isso o levará ao outro lado, onde deverá derrotar outro subordinado.
Siga o caminho até confrontar o Admin da Magma Tabitha. Derrote seu Numel, Mightyena e Camerupt para completar a base. Saia pelo teletransportador no final do caminho. Os Wailmer não bloquearão mais o caminho para Mossdeep City.