Monstros de Fusão em "Yu-Gi-Oh! The Eternal Duelist Soul" são feitos usando a carta mágica Polimerização (Polymerization) para combinar dois monstros separados numa única entidade. Cartas de Monstro de Fusão têm borda roxa, distinguindo de monstros normais. Ficam num deck extra, separado do principal. São tipicamente mais poderosos e têm habilidades especiais para compensar o esforço extra de invocá-los.
Obtenha cartas de Monstro de Fusão comprando boosters in-game e adicionando ao deck extra. Além da borda roxa, têm texto indicando quais dois monstros combinam para invocá-lo. Ex: Flame Swordsman exige Flame Manipulator e Masaki the Legendary Swordsman.
Adicione os monstros necessários (conforme sua carta de Fusão) ao deck. Pode trocar cartas acessando o baú (trunk) no menu principal.
Adicione três cartas de Polimerização ao deck. Aumenta chances de comprar quando precisar.
Inicie duelo contra oponente e continue até ter os dois monstros necessários e uma Polimerização na mão.
Selecione e use sua Polimerização. O jogo pedirá para sacrificar os dois monstros necessários para invocar seu Monstro de Fusão. Selecione-os para invocar automaticamente do deck extra para o campo.