Em "Mega Man Battle Network 3", jogadores usam o poder de chips de programação, encontrados pelo jogo, para executar ataques contra vírus em sistemas de computador. Um dos chips mais raros é o chip Life Aura. Mega Man pode usar Life Aura em batalha para criar um escudo ao redor de si mesmo que repele todos os ataques que causam menos de 200 pontos de dano. Este chip, que só pode ser encontrado em uma área próxima ao final do jogo, pode mudar o rumo de muitas das batalhas finais e opcionais difíceis do jogo.
Derrote o chefe opcional Flamman V2, que se torna acessível após derrotar Flamman V1 durante o enredo do jogo. Entre no Undernet 5 conectando-se a qualquer computador no SciLab 1. O SciLab 1 pode ser alcançado comprando um bilhete do metrô localizado ao sul da sua casa. Prossiga pelo caminho até chegar a um beco sem saída no final do Undernet 5 para batalhar contra Flamman V2. Após a batalha, abra o menu do jogo e desconecte.
Vá para Yoka 1 comprando um bilhete de metrô e conecte-se a qualquer computador. Ande por aí até Flamman V3 aparecer como uma batalha aleatória.
Volte ao Undernet 5 e saia para o próximo mapa ao norte e siga as esteiras em direção ao lado oeste do mapa. Você encontrará um grande cubo; ele se abrirá agora que Flamman V3 foi derrotado. Entre no teleportador atrás do cubo de segurança para entrar no Undernet 7. Vire à esquerda na entrada e siga este caminho reto para cima para encontrar o comerciante que vende um item chamado Martelo da Serenata (Serenade's Hammer). O comerciante cobrará 50 Bug Frags (uma moeda usada para várias tarefas no jogo, como comprar itens raros, e que pode ser obtida matando um inimigo enquanto ele está no meio de um ataque; você receberá esses Bug Frags ganhos no final da batalha).
Responda a todos os quatro questionários espalhados pelo jogo. O Sr. Quiz pode ser encontrado no corredor da Pousada Yoka. O Mestre Quiz está localizado nos fundos das Fontes Termais na Pousada Yoka. Encontre a Rainha Quiz no terceiro andar do hospital. O quiz final é o do Rei Quiz, no topo da Ilha Hades. Todas essas áreas podem ser alcançadas pelo sistema de metrô uma vez desbloqueadas através de eventos da história.
Conecte-se à estátua de gárgula na Ilha Hades para entrar na rede da Ilha Hades. Você encontrará um comerciante de Bug Frags perto da entrada. Compre o chip de nível Giga NaviRcycl do comerciante por 200 Frags.
Compre um bilhete para Yoka. Saia da estação e entre na pousada próxima. Caminhe até a sala dos fundos nas Fontes Termais. Examine a rachadura na rocha atrás da cachoeira para encontrar um elevador escondido. Selecione sim no menu para descer o elevador até uma sala de servidores com um grande computador na parede de fundo. Conecte-se ao computador para entrar na Área Secreta 1.
Percorra a Área Secreta 1, quebrando quaisquer monólitos que bloqueiem seu caminho usando o martelo que você comprou no Undernet.
Chegue ao Dark Man no final da Área Secreta 1 para entrar na Área Secreta 2. Você saberá que está indo na direção certa quando monólitos bloquearem seu caminho. Simplesmente continue reto pela zona até chegar a um portão com um ponto de interrogação. Esta porta se abrirá, levando você à batalha contra Dark Man, desde que você tenha completado todos os quatro questionários no passo 4.
Derrote Japan Man no final da Área Secreta 2 para entrar na Área Secreta 3. Use os monólitos para guiar-se pelo caminho correto até chegar a outro portão. Este portão só abrirá se você possuir pelo menos um chip Giga. O chip NaviRcycl comprado no passo 5 cumprirá este requisito, abrindo o portão e desencadeando a batalha contra Japan Man.
Ande pela Área Secreta 3 até encontrar um dos seguintes vírus: Scutz, Scuttle, Scuttler, Scuttzer ou Scuttlest. Há um terceiro portão perto da entrada da Secreta 3, mas não é necessário abri-lo para encontrar vírus Scutz.
Derrote um dos vírus da família Scutz o mais rápido possível para melhorar sua probabilidade de obter um alto rank de busting, aumentando assim suas chances de obter um Life Aura como drop do membro da família Scutz.