Cartuchos de Game Boy são apenas mídia de armazenamento para software comum (música, imagens, código). Editar um jogo é extrair esse código e usar utilitários para modificá-lo. Processo exaustivo, mas permite inserir uma versão 8-bit de você no jogo desejado.
Procure online uma ROM do jogo que quer editar. Você deve possuir o cartucho físico original — baixar ROM sem ter o jogo é ilegal. Existem hardware stations para extrair ROM do seu cartucho, mas são caras.
Visite sites de ROM hacking (Romhacking.net, Zophar.net) e baixe o software adequado ao que quer editar (cores, imagens, música, level design). Alguns só funcionam com jogos específicos.
Carregue a ROM no editor e faça as alterações. Lembre-se: é um sistema 8-bit; não sobrecarregue com muitas cores ou gráficos grandes. Salve a ROM e anote erros reportados que possam tornar o jogo injogável.
Baixe um emulador de Game Boy (Visual Boy Advance, BGB). Como a ROM é só um arquivo no PC, não roda no GBA sem hardware caro para gravar de volta no cartucho.
Inicie o emulador, selecione a ROM editada e jogue seu jogo personalizado.