"Virtual Villagers 3" gira em torno da vida diária de aldeões na ilha. O jogador ajuda a construir casas, garantir comida e curar doentes. No caminho, pode guiá-los a descobrir mistérios da ilha. Um é a chave de pérola, que um construtor mestre cria de uma pérola. Com ela, o chefe abre a porta do Relógio Solar, o mistério final.
Progrida no jogo até esculpir a estátua. Neste ponto, uma pérola aparece na areia.
Arraste e solte um personagem com habilidade Mestre Construtor na pérola. Ele a levará à cachoeira para limpar. Quando terminar, largará lá.
Pegue um Mestre Cientista e solte sobre a pérola limpa. Ele a polirá e largará.
Mova o chefe da vila sobre a pérola. Ela a dará à gigante concha, recebendo chave em troca.
Arraste e solte o chefe na porta misteriosa e ela colocará a chave.