O objetivo de "Virtual Villagers 3: The Secret City" é manter sua vila próspera enquanto resolve 16 puzzles complicados. Dê uma chance à sua vila mantendo cada aspecto da ilha equilibrado. Sob seu controle, os aldeões de Isola devem trabalhar juntos para pesquisar, expandir moradias e produzir comida. Cabe a você decidir quando devem focar em cada tarefa. Focar nas tarefas mais importantes primeiro garante que seus aldeões tenham chance de sobrevivência.