Pikmin é um jogo onde o protagonista, Capitão Olimar, tenta reparar sua nave acidentada para retornar ao seu planeta natal. Para encontrar as peças da nave, Olimar deve trabalhar com os Pikmin, habitantes do planeta alienígena que são parte animal, parte planta. Os Pikmin seguem as ordens de Olimar, mas também encontram diversos inimigos que tentam atrapalhar seus planos.
Uma criatura semelhante a aranha, o Beady Long Legs caminha e pode esmagar Pikmin sob seus pés. Arremessar Pikmin, especialmente os amarelos, no corpo esférico do Beady Long Legs pode derrotá-lo, fazendo-o desmoronar em poeira e entregar quaisquer itens capturados.
Breadbugs, que parecem pãezinhos andantes, não atacam os Pikmin diretamente. Em vez disso, roubam itens valiosos e os levam de volta aos ninhos, estragando o trabalho dos Pikmin. Arremessar Pikmin nas costas do Breadbug causa pouco dano, mas a melhor forma de derrotá-los é acumular Pikmin sobre o objeto que o Breadbug está roubando. Os Pikmin então levam o Breadbug de volta à nave, onde ele bate a cabeça e sofre mais dano.
Um inimigo relativamente fácil de derrotar, o dwarf bulborg é uma subespécie de breadbug que pode ser vermelho, laranja ou branco. Os Pikmin geralmente encontram dwarf bulborgs na Floresta da Esperança. Para derrotar o dwarf bulborg, lance uma série de Pikmin contra ele, preferencialmente por trás.
Localizado no Umbigo da Floresta, os fiery blowhogs têm focinhos longos e vermelhos que disparam chamas. Se chegarem muito perto, os Pikmin podem pegar fogo e morrer queimados. A melhor abordagem é arremessar um Pikmin nas costas do blowhog, esperar ele sacudir o Pikmin e então atacá-lo em enxame com vários Pikmin. Pikmin em enxame não pegam fogo. O perigo real ocorre ao atacar perto d'água, pois o blowhog pode lançar Pikmin na água para afogá-los.
Um grande cogumelo andante, Puffstool pode borrifar uma névoa roxa tóxica que transforma Pikmin em seus escravos involuntários. Pikmin afetados ficam roxos e crescem chapéus de cogumelo marrons na cabeça. Esses Pikmin Cogumelo então atacam seus companheiros e o Capitão Olimar. A grande cabeça do Puffstool é invulnerável. Os Pikmin devem atacar suas pernas para derrubá-lo e causar dano. Chame seus Pikmin de volta antes que o Puffstool se levante, ou ele os esmagará.
Shearwigs parecem besouros e vivem no subsolo na Floresta do Umbigo e Primavera Distante, mas podem rastejar à superfície e voar. Se atacados precipitadamente, voam e contra-atacam, muitas vezes matando Pikmin. Arremessar Pikmin individualmente funciona melhor e pode até derrubá-los do céu.