Naruto: Clash of Ninja é jogo de luta baseado no anime/mangá Naruto. Tem três personagens secretos para desbloquear: Rock Lee, Kyuubi Naruto e Sharingan Kakashi. Devem ser desbloqueados em ordem específica pois requisitos de Kyuubi Naruto e Sharingan Kakashi dependem de ter outro personagem desbloqueado. Requisitos para os três requerem vencer Story Mode pelo menos duas vezes com cada personagem.
Chegue a Zabuza no Story Mode sem usar continues. Se usar continue em lutas anteriores, não terá cena para desbloquear Rock Lee.
Derrote Zabuza. Terá cena extra onde Rock Lee o desafia.
Derrote Rock Lee. Ele agora será selecionável como jogável.
Vença Story Mode com todos personagens para desbloquear perfis. Pode começar antes de Rock Lee, mas precisa desbloqueá-lo antes de Kyuubi Naruto.
Vença Story Mode novamente com todos personagens.
Mensagem aparecerá dizendo que Kyuubi Naruto está desbloqueado.
Vença Story Mode com Kakashi Hatake. Deve ser feito após Kyuubi Naruto desbloqueado.
Mensagem aparecerá dizendo Sharingan Kakashi está desbloqueado.