A Árvore Deku, devido à maldição, está infestada de hordas de inimigos entre você e a vitória. Os principais inimigos são keeses, skulltulas, Deku babas e Deku scrubs. Geralmente ouve um keese pelo bater de asas; prepare-se para atirar com a funda de fada ou cortar com a espada Kokiri. Se deixar chegar a uma tocha e voar em você, queimará seu frágil escudo Deku. Skulltulas são vulneráveis a tiro de funda ou golpe de espada quando seu ventre mole está exposto. Deku babas são fáceis de evitar, mas matar uma geralmente dá um graveto Deku. Enquanto isso, Deku scrubs são vulneráveis a seus próprios tiros refletidos com o escudo Deku.
Para chegar às partes inferiores da Árvore Deku e ao chefe, deve quebrar a teia no centro do andar principal. É forte demais para pular, mas pode cair nela com um graveto Deku em chamas. Gravetos queimam rápido, mas se pressionar "A" para guardá-lo, não queima. A sala com o mapa, no andar superior, tem tocha acesa e interruptor de porta; acenda o graveto na tocha, pressione o interruptor e abra a porta. Vá para a esquerda e verá uma abertura na parede para pular. Uma skulltula espera acima e cai se aproximar. Ao se aproximar da borda, jogue uma noz Deku para atordoar a skulltula e limpar o caminho e pule na teia. Deve conseguir antes do graveto queimar.
Gohma, uma aranha gigante blindada, é a chefe desta masmorra e a entidade representando a maldição. Naturalmente, seu trabalho é matá-la. A luta segue a fórmula padrão de "Zelda": atordoe a chefe com o item da masmorra e siga com golpes de espada. Mire em Gohma e mantenha distância, atirando um projétil da funda no olho. Use ataques de salto com a espada Kokiri enquanto Gohma está atordoada. Derrote as mini-Gohmas que ela solta com ataque giratório. Repita até Gohma morrer; não deve demorar.
Se uma área na masmorra parece intransponível, procure duas coisas: interruptores e tochas. Use visão em primeira pessoa com "Cima no C" se precisar. Interruptores nas paredes respondem a tiro de funda; interruptores em formato de cristal no chão respondem a qualquer impacto. Interruptores no chão precisam ser pisados; se houver bloco móvel por perto, pode precisar mover o bloco sobre o interruptor para mantê-lo pressionado. Se vir tochas, acenda-as. Jogos "Zelda" frequentemente têm puzzles que envolvem acender todas as tochas de uma sala para abrir a porta para a próxima área.