Ao sair do Templo do Tempo sete anos após puxar a Espada Mestra, Ganondorf tomou Hyrule, matou/escravizou todos na Cidade do Castelo e tomou o Castelo como palácio. Onde era o castelo, agora há fosso de lava com ilha flutuante e torre negra com espinhos. Esta é a Torre de Ganon, antes Castelo de Hyrule. Nenhuma ponte leva à torre — ainda.
Após obter os seis Medalhões Espirituais — Floresta, Fogo, Água, Sombra, Espírito e Luz — é convocado ao Templo do Tempo, onde Sheik espera; na verdade Zelda disfarçada, escondida com Impa nos sete anos. Após revelação que a Triforce se dividiu em três ao ser tocada por Ganondorf, e identidades dos portadores, Ganondorf enclausura Zelda num cristal e teleporta-a ao topo da torre. Ao ir à beira do fosso de lava, os seis Sábios combinam poder para criar ponte arco-íris à entrada.
A parte central da Torre de Ganon é bloqueada por seis barreiras que deve desativar antes de subir para lutar contra Ganon. Cada barreira representa um templo. No fim de cada câmara, o Sábio correspondente está num casulo que destrói com Flecha de Luz. Após barreira desaparecer, sobe a torre enfrentando Lizalfos, Stalfos e par de Iron Knuckles. O topo é sala única onde Ganondorf toca órgão e Zelda está suspensa no teto. Batalha final começa.
Ganondorf joga raios, que reflete batendo com Espada Mestra num tênis celestial. Quando atordoado pelo próprio ataque, uma Flecha de Luz rápida o derruba, vulnerável a golpes de Espada Mestra. Dura pouco; use Longshot para prender nas paredes externas e repita. Eventualmente, Ganondorf é mortalmente ferido, deixando você e Zelda descer a torre em três minutos antes de desabar.
Após torre desmoronar, Ganondorf ressurge das ruínas e transforma na forma mutante porca, Ganon, com Triforce do Poder. Usando duas espadas maciças, derruba Espada Mestra da sua mão fora de anel de fogo, deixando você se defender com Martelo Megaton e Flechas de Luz. Após fogo sumir, recupera Espada Mestra e retoma luta para derrotar Ganon de vez — ou até próximo "Zelda".