Alguns bugs permitem pular áreas ou acessá-las cedo. Por exemplo, um glitch permite entrar no Templo das Sombras assim que Link se torna adulto. Plante um feijão mágico no cemitério de Kakariko quando Link é criança. Como adulto, suba o pé de feijão e use uma bomba para se lançar sobre o muro. Siga o muro para encontrar a entrada do Templo das Sombras. Outro bug permite pular os três testes no castelo de Ganondorf. Dentro do castelo, vá à masmorra do espírito. Empurre a estátua à direita da entrada. Encoste no canto entre a estátua e a parede e faça um ataque de salto em direção ao canto. Se feito corretamente, Link atravessa a parede. Atravesse as vigas na próxima sala para pular os testes.
Com duas garrafas vazias e um peixe, pode explorar um bug para dar vida infinita a Link. Atribua uma garrafa com peixe e uma vazia a dois botões C. Solte o peixe e pegue-o novamente imediatamente. Faça um backflip e, no ar, pressione o botão para soltar o peixe. Rapidamente pressione o botão da garrafa vazia. Link bebe e recupera cinco corações. A Lente da Verdade revela segredos ocultos. Para ativá-la sem gastar magia, toque a Canção das Tempestades. Após terminar, ligue imediatamente a Lente da Verdade para usá-la sem esvaziar a barra de magia.
Para fazer Link soltar a espada, entre na batalha final contra Ganondorf. Assim que Ganondorf derrubar a Master Sword, salve o jogo. Reinicie a batalha para jogar como Link sem espada. Para fazer a espada brilhar branco, encare qualquer placa ou poste. Pressione "R" para levantar o escudo, depois "B" para investir a espada. Pressione "A" no meio do impulso para ler a placa e a espada ficará branca. A espada ganha poder de ataque aumentado e Link não cai de bordas. Se for atacado, a espada volta ao normal.
Use o glitch de flutuação com bomba para alcançar alturas e áreas restritas. Para isso, deixe a espada branca (bug acima). Fique perto de uma borda e solte uma bomba na frente de Link. Quando explodir, faça um backflip e saque o escudo imediatamente. Link poderá andar no ar. O bug de estocada agachada poderosa permite matar a maioria dos inimigos e chefes em poucos golpes. Equipe uma arma como a Espada Biggoron ou Faca Gigante. Faça um ataque de salto e, ao pousar, saque o escudo. Pressione "B" agachado e com escudo para usar a estocada agachada poderosa.