O sistema de alinhamento pode ser o aspecto mais frustrante de Ogre Battle, pois não é imediatamente aparente como funciona. O alinhamento de uma unidade afeta quais classes ela pode evoluir e quão bem o povo receberá sua rebelião ao libertar cidades. O alinhamento também determina quanto dano uma unidade receberá ou causará em horários específicos do dia.
Derrote inimigos em combate que sejam de nível muito superior ao da sua unidade para aumentar o alinhamento dela. Quanto maior o nível do inimigo, mais o alinhamento subirá após derrotá-lo.
Mate inimigos de nível inferior para baixar seu alinhamento. Quanto menor o nível do inimigo comparado ao da sua unidade, mais pontos de alinhamento a unidade perderá. Este aspecto torna difícil aumentar significativamente o alinhamento e exige equilíbrio cuidadoso, pois a unidade precisa entrar em combate para derrotar inimigos de nível superior, mas se lutar demais seu nível subirá rápido demais e começará a perder alinhamento.
Batalhe unidades tipicamente consideradas "boas" para baixar seu alinhamento. Unidades como paladins, querubins ou princesas são unidades "boas". Cavaleiros e clérigos também são "bons", mas baixam o alinhamento menos que as anteriores.
Conquiste inimigos de alinhamento baixo, ou geralmente considerados "maus", para subir seu alinhamento. Criaturas mortas-vivas como fantasmas e vampiros são as mais más e subirão seu alinhamento rapidamente. Outras unidades que sobem alinhamento se derrotadas: hell hounds, lobisomens e demônios.
Combine os passos acima para mudanças dramáticas de alinhamento. Derrotar um vampiro muitos níveis acima da sua unidade causa o maior ganho de alinhamento, enquanto matar um paladino vários níveis abaixo causa enorme queda.
Puxe cartas de Tarô ao libertar cidades. Algumas cartas afetam o alinhamento da unidade que libertou a cidade. Por exemplo, Hierophant e Priestess sobem o alinhamento, enquanto Tower o baixa.