A história da série Mass Effect depende das escolhas do jogador. Até pequenas decisões afetam o desfecho do jogo. Jogadores de PC e Xbox 360 de Mass Effect 2 podiam importar seus personagens do primeiro Mass Effect. Como o primeiro jogo não está disponível para PlayStation, os jogadores de PS3 não têm essa opção. Para dar o mesmo nível de personalização, a BioWare ofereceu o quadrinho interativo Mass Effect: Genesis como download gratuito. O Genesis permite fazer escolhas sobre a história do primeiro Mass Effect que afetarão o jogo de Mass Effect 2.