Assim como o primeiro "Ultimate Ninja Storm" cobriu eventos iniciais do mangá/anime Naruto, "Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2" baseia-se em "Naruto Shippuden". Inclui a saga do Hachibi, onde Sasuke captura Killer Bee para Uchiha Madara. Killer Bee é jogável, mas precisa desbloquear e completar seu fragmento de história antes de liberá-lo no modo VS.
Jogue o story mode até completar a side quest opcional "Cursed Dolls". Ao coletar as 36 Cursed Dolls, receberá mensagem do Hokage.
Vá ao escritório do Hokage para iniciar a história do Killer Bee (Fragment story) — parte curta, diferente dos capítulos principais. Assista cutscenes até ganhar controle de Sasuke e começar a luta.
Lute contra Killer Bee com ataques do Sasuke. Ele não ameaça muito aqui, mas jogue defensivo para guardar vida pro final.
Quando Killer Bee virar Hachibi (forma de boi gigante, tipo Kyuubi do Naruto), use ataques de longo alcance. Jogue bombas de fogo e kunais para baixar vida.
Carregue chakra até encher a barra. Se Killer Bee fizer dano suficiente para ativar Awakening Mode, faça: espere vida cair abaixo do marcador na barra de HP, depois carregue chakra para ativar Sharingan do Sasuke.
No Awakening Mode, use Amaterasu (ataque do Sharingan). Dano massivo, médio alcance — machuca Bee sem entrar no alcance dos tentáculos. Continue até zerar HP dele.