A escolha do seu Pokémon afeta drasticamente a dificuldade da batalha contra Groudon. Groudon possui a habilidade inata Seca (Drought), que enfraquece significativamente todos os Pokémon e movimentos do tipo Água. Isso torna Squirtle, Totodile, Mudkip e Piplup más escolhas, pois seus ataques terão pouco efeito.
A característica de tipo Terra de Groudon não entra em jogo contra outros Pokémon nesta batalha, então Pokémon do tipo Elétrico (como Pikachu), Normal ou Fogo não estão em desvantagem. Para a vitória mais fácil, use Pokémon do tipo Planta. Sua força contra o tipo Terra derrotará Groudon rapidamente.
Groudon não tem fraqueza inata contra efeitos de status. Isso significa que ataques especiais, como o Choque do Trovão paralisante do Pikachu ou a Semente Sanguessuga drenadora de vida do Bulbasaur, funcionam muito bem. Tente manter pelo menos um efeito de status no chefe o tempo todo.
Groudon é um Pokémon muito lento, e o uso de efeitos de status pode mantê-lo travado e incapaz de batalhar durante a maior parte da luta. Seus Pokémon frequentemente receberão ataques adicionais entre rodadas devido à lentidão de Groudon, permitindo alternar ataques danosos com os que infligem efeitos de status.
Muitos itens especiais funcionam contra Groudon, mas o mais eficaz é a Semente de Sono (Sleep Seed). Ela permite infligir o efeito de sono no chefe, impedindo qualquer ataque ou ação durante sua duração (embora acabe passando). Sementes de Cura e itens similares podem dar vantagem se seus Pokémon tiverem níveis mais baixos que Groudon ou se você escolher Pokémon com fraqueza à habilidade Seca.
O fator mais importante para vencer Groudon facilmente é usar Pokémon de nível alto. Embora um Groudon falso apareça no início do jogo, o verdadeiro Groudon tem estatísticas de um Pokémon de nível muito alto, com todas as mesmas habilidades e fraquezas da primeira versão. Evoluir seus Pokémon ao nível máximo antes de tentar entrar na Caverna Brilho (Shimmer Cave) permitirá superar suas defesas facilmente, independentemente do tipo de Pokémon ou itens especiais coletados.