Em Pokémon HeartGold (remake de Pokémon Gold para Nintendo DS), você pode obter sete ovos secretos. Ovos de Pokémon geralmente vêm da reprodução de dois Pokémon da mesma espécie. Porém, os ovos secretos de HeartGold são obtidos através de ações específicas, sem relação com reprodução.
O primeiro ovo secreto — um ovo de Togepi — é difícil de perder na história principal. Na Rota 30 a caminho de Cherrygrove City, pegue a estrada leste e visite a casa do Sr. Pokémon. Após conversa, ele dá um "ovo mistério". Depois, em New Bark Town, você é forçado a entregar o ovo ao Professor Oak para análise. Continue até o Ginásio de Violet, onde enfrentará três batalhas; a terceira é contra Falkner, o líder. Ao vencer, receberá ligação do Professor Elm dizendo que pode pegar o ovo de volta com seu assistente no Poké Mart. Vá ao Poké Mart, fale com o assistente e receba o ovo de volta. Caminhe 2.800 passos com o ovo no inventário para chocar um Togepi. Bônus: visite o Professor Elm com o Togepi chocado no primeiro slot do time e ele dará uma Everstone.
Após chegar às Ruínas de Alph, pode desbloquear um de três ovos secretos. Precisa ter um Arceus de Pokémon Diamond, Pearl ou Platinum. Usando um segundo DS, vá à Sala de União de um Centro Pokémon em ambos os jogos para transferir Arceus para HeartGold. Com Arceus no seu time, deposite os outros Pokémon no Centro Pokémon e vá às Ruínas de Alph. Ao entrar, uma cena especial com seu Arceus começa. Escolha um de três símbolos circulares nos cantos de um triângulo. Uma cutscene mostra um ovo sendo invocado. O ovo vai para seu inventário e choca imediatamente em um de três Pokémon, conforme o símbolo: topo = Giratina, inferior esquerdo = Dialga, inferior direito = Palkia.
Em Violet City, um homem chamado Primo fica ao lado do Centro Pokémon. Ao falar com ele, ele pergunta sua opinião sobre vários assuntos; dependendo da resposta, dá um de vários presentes: oito papéis de parede especiais de box e três ovos secretos: Mareep, Wooper e Slugma. As respostas corretas para cada ovo variam por jogador e dependem do seu ID de treinador de 5 dígitos. Alguns sites têm ferramentas que listam as respostas certas para seu ID.
Além dos sete ovos secretos, a única forma de obter ovos é reproduzindo dois Pokémon existentes no Day Care Pokémon, ao sul de Goldenrod City. Só pode reproduzir dois Pokémon do mesmo grupo de ovo, macho e fêmea. O ovo resultante será sempre da mesma espécie da fêmea. Ditto (sem gênero) pode reproduzir com machos, fêmeas ou outros sem gênero. Deve caminhar certa quantidade de passos com cada ovo, dependendo da espécie, para chocar.