Pokémon Lendários, criaturas poderosas com stats aprimorados e ataques especiais, aparecem em Pokémon SoulSilver. Vários pássaros lendários escondem-se em Kanto e Johto, esperando treinador digno. Pássaros como Zapdos, Moltres, Articuno estrelaram jogos anteriores e retornam com todas as 16 insígnias. Dois mais: Ho-Oh e Lugia, no Torre do Sino e Ilhas Redemoinho.
Ho-Oh: Vá a Pewter City, fale com homem andando na entrada. Ele dá Asa Arco-Íris. Vá a Ecruteak City, mostre Asa ao guarda na Torre do Sino. Suba ao topo da Torre para achar e capturar Ho-Oh. Enfraqueça até barra de vida vermelha, jogue Pokébola.
Lugia: Vença todos ginásios de Johto. Vá ao salão de dança em Ecruteak. Derrote as garotas kimono para ganhar Pena Prateada (Silver Feather). Cada garota tem Eevee diferente. Vá às Ilhas Redemoinho (Whirl Islands) e mergulhe ao fundo onde vê redemoinho para achar Lugia.
Moltres: Colete 16 insígnias. Vá à Caverna Prateada (Silver Cave), entre Kanto e Johto. Derrote 16 líderes das duas regiões. Moltres espera num poço fundo dentro da caverna.
Zapdos: Com 16 insígnias, vá à Rota 10. Surfe na água até ver a usina. Vá ao lado da usina para achar Zapdos.
Articuno: Com 16 insígnias, vá a Fuchsia City e surfe sudeste até Ilhas Seafoam. Nade ao redor até ver plataforma com pássaro azul. É Articuno; suba escadas para capturar.