"Kingdom Hearts: 358/2" tem dois modos principais: Story Mode, onde explora a história fase a fase, e Mission Mode, onde revisita fases antigas com novos personagens sozinho ou com amigos. Inicialmente, pode escolher qualquer personagem da Organization XIII para Mission Mode, mesmo os que não participam do Story Mode. Além disso, pode desbloquear personagens secretos de outros jogos Kingdom Hearts e usá-los no Mission Mode.
Complete Day 117 no Story Mode para atingir rank "Rookie" e desbloquear Xion.
Desbloqueie Riku completando Day 172 no Story Mode.
Termine Day 225 para desbloquear Donald.
Alcance rank "Master" no Day 296 e Goofy ficará disponível no Mission Mode.
Compre "The King's Return" por 1000 pontos na Moogle Shop para desbloquear King Mickey. Só disponível após zerar o jogo.
Preencha o Mission Gauge em todas missões do Story Mode, depois compre "Sora's Awakening" na Moogle Shop por 2000 pontos para desbloquear Sora no Mission Mode.